Quando i barbari (Goti e Longobardi) invasero l'Italia e scesero a Roma, vi distrussero sistematicamente molti monumenti e saccheggiarono molti luoghi, incluse le Catacombe. Impotenti di fronte a tali ripetute devastazioni, verso la fine dell'ottavo e l'inizio del nono secolo, i papi fecero trasferire le reliquie dei martiri e dei santi nelle chiese della città, per ragioni di sicurezza.
Una volta terminata la traslazione delle reliquie, le Catacombe non furono più frequentate, anzi vennero totalmente abbandonate, ad eccezione di quelle di San Sebastiano, San Lorenzo e San Pancrazio. Col passare del tempo, frane e vegetazione ostruirono e nascosero le entrate delle altre catacombe, tanto che se ne persero perfino le tracce. Per tutto il tardo Medioevo non si sapeva neppure dove fossero.
L'esplorazione e lo studio scientifico delle catacombe iniziarono, secoli dopo, con Antonio Bosio (1575-1629), soprannominato il "Colombo della Roma sotterranea". Nel secolo scorso l'esplorazione sistematica delle catacombe, e in particolare di quelle di San Callisto, venne eseguita da Giovanni Battista de Rossi (1822-1894), che è considerato il fondatore e padre della Archeologia Cristiana.
Nel 1930 la Santa Sede, proprietario della Catacomba, ha affidato la custodia delle Catacombe di San Callisto alla Congregazione dei Salesiani di Don Bosco.
Le catacombe di San Callisto
Si trovano sulla destra della Via Appia Antica, dopo la chiesetta del "Quo Vadis".
Le Catacombe di San Callisto sono tra le più grandi e importanti di Roma. Sorsero verso la metà del secondo secolo e fanno parte di un complesso cimiteriale che occupa un'area di 15 ettari di terreno, con una rete di gallerie lunghe quasi 20 chilometri, su diversi piani, e raggiungono una profondità superiore ai 20 metri. In esse trovarono sepoltura decine di martiri, 16 pontefici e moltissimi cristiani.
Nel sopratterra sono visibili due basilichette con tre absidi, dette "Tricore". In quella orientale furono probabilmente sepolti il papa San Zefirino e il giovane martire dell'Eucarestia, San Tarcisio.
Il cimitero sotterraneo consta di diverse aree. La Cripta dei Papi è il luogo più sacro ed importante di queste catacombe, chiamato "il piccolo Vaticano" perché vi furono sepolti 9 papi e, probabilmente, 8 dignitari della Chiesa del 3º secolo. Lungo le pareti sono le iscrizioni originali in greco di 5 papi. Su 4 lapidi, accanto al nome del pontefice c'è il titolo di "vescovo", perché il papa era considerato il capo della Chiesa di Roma, e su due lapidi c'è anche l'abbreviazione greca di "MPT" (martire).
La Cripta di Santa Cecilia, la popolare patrona della musica. Di nobile famiglia romana, fu martirizzata nel terzo secolo. Sepolta dove ora si trova la sua statua, fu qui venerata per almeno cinque secoli. Nell’821 le sue relique furono trasportate in Trastevere nella basilica a lei dedicata.
La Statua di Santa Cecilia è una copia della celebre opera del Maderno, scolpita nel 1599. La cripta era tutta decorata con affreschi e mosaici. Sulla parete vicino alla statua c’è un’antica immagine di Santa Cecilia, in atteggiamento di orante, più sotto, in una piccola nicchia è raffigurato il Salvatore, che tiene in mano il Vangelo; accanto è dipinto il papa martire Sant'Urbano. Su una parete del lucernario si vedono le figure di tre martiri: Policamo, Sebastiano e Quirino. sono i nuclei più antichi (2° sec.).
Passando attraverso imponenti gallerie piene di loculi, giungiamo a cinque stanzette, vere tombe di famiglia, chiamate cubicoli dei Sacramenti e particolarmente importanti per i loro affreschi. Gli affreschi sono databili dagli inizi del 3° sec e rappresentano simbolicamente i sacramenti del Batesimo e dell’Eucarestia. Vi si trova raffigurato anche il profeta Giona, simbolo di resurrezione.
Le origini delle Catacombe
Nel primo secolo i cristiani di Roma non avevano cimiteri propri. Se possedevano dei terreni, seppellivano là i loro defunti, altrimenti ricorrevano ai cimiteri comuni usati anche dai pagani. Per tale motivo San Pietro fu sepolto nella "necropoli" ("città dei morti") sul Colle Vaticano, aperta a tutti; come pure San Paolo fu sepolto in una necropoli della Via Ostiense.
Con l'editto di Milano, promulgato dagli imperatori Costantino e Licinio nel febbraio del 313, i cristiani non furono più perseguitati. Potevano liberamente professare la fede, costruire luoghi di culto e chiese dentro e fuori le mura della città, e comperare lotti di terreno senza pericolo di confische. Tuttavia le catacombe continuarono a funzionare come cimiteri regolari fino all'inizio del quinto secolo, quando la Chiesa ritornò a seppellire esclusivamente sopratterra o nelle basiliche dedicate a martiri importanti.
Durante questo lungo periodo di tempo (400-800 circa d.C.), le Catacombe furono considerate autentici santuari dei martiri e numerosissimi pellegrini si recarono a visitarle con l’unico scopo di pregare presso le loro tombe. A questo periodo, specialmente, appartengono i devoti graffiti (brevi invocazioni di preghiere o ricordo di riti compiuti, incisi sugli intonaci delle cripte dai pellegrini) e la compilazione di alcuni itinerari (vere guide delle Catacombe).