Entrando alle Catacombe di San Callisto, nel sopratterra, sono visibili due basilichette con tre absidi, dette "Tricore". In quella orientale furono probabilmente sepolti il papa San Zefirino e il giovane martire dell'Eucarestia, San Tarcisio.
Il cimitero sotterraneo consta di diverse aree. Le Cripte di Lucina e la regione detta dei papi e di Santa Cecilia sono i nuclei più antichi. Le altre regioni sono denominate di San Milziade, di San Gaio e di Sant'Eusebio, Occidentale e Liberiana con molte cripte importanti.