Kiedy barbarzyńcy (Goci i Longobardowie) najechali na Włochy i dotarli do Rzymu, niszczyli tu systematycznie liczne zabytki i złupili wiele miejsc, w tym katakumby. Bezsilni w obliczu tych powtarzających się zniszczeń, pod koniec ósmego i na początku dziewiątego wieku papieże polecili przenieść relikwie męczenników i świętych do kościołów miasta dla ich zabezpieczenia.
Po zakończeniu translacji relikwii przestano nawiedzać katakumby, a wręcz były one całkowicie opuszczone, z wyjątkiem Katakumb św. Sebastiana, św. Wawrzyńca i św. Pankracego. Z upływem czasu osuwanie się terenu i bujna roślinność zatarasowały i przesłoniły wejścia do pozostałych katakumb, tak iż niekiedy zaginęły po nich ślady. Przez całe późne średniowiecze nie wiedziano nawet, gdzie się znajdują.
Eksploracja i badania naukowe katakumb rozpoczęły się parę wieków później, za sprawą Antonia Bosia (1575-1629), któremu nadano przydomek „Kolumb podziemnego Rzymu”. W XIX stuleciu systematyczne badanie katakumb, zwłaszcza św. Kaliksta, przeprowadził Giovanni Battista De Rossi (1822-1894), który jest uważany za założyciela i ojca archeologii chrześcijańskiej.
W roku 1930 Stolica Apostolska, jako właściciel katakumb przekazała opiekę nad Katakumbami Świętego Kaliksta Zgromadzeniu Salezjanów Księdza Bosko.
Katakumby Świętego Kaliksta
Znajdują się po prawej stronie Via Appia Antica, w pobliżu kościółka „Quo Vadis?”.
Katakumby św. Kaliksta należą do największych i najważniejszych w Rzymie. Powstały około połowy drugiego wieku i są częścią kompleksu cmentarnego, zajmującego teren o powierzchni 15 hektarów, z siecią galerii o długości prawie 20 kilometrów, na różnych poziomach; sięgają ponad 20 metrów w głąb. Pochowano w nich dziesiątki męczenników, 16 papieży i bardzo licznych chrześcijan.
Na powierzchni ziemi widoczne są dwie małe bazyliki z trzema absydami, tzw. „Tricory”. We wschodniej prawdopodobnie zostali pochowani papież św. Zefiryn i młody męczennik Eucharystii św. Tarsycjusz.
Cmentarz podziemny składa się z wielu części. Miejscem najświętszym i najważniejszym tych katakumb jest Krypta Papieży; nazywana jest „małym Watykanem”, ponieważ pochowano w niej 9 papieży i prawdopodobnie 8 dostojników Kościoła III wieku. Na ścianach znajdują się oryginalne inskrypcje w języku greckim dotyczące 5 papieży. Na 4 płytach nagrobnych obok imienia papieża widnieje tytuł „biskup”, ponieważ papież uważany był za głowę Kościoła Rzymu; na dwóch płytach jest także grecki skrót „MPT” (męczennik).
Krypta św. Cecylii, popularnej patronki muzyki. Pochodziła ona ze szlachetnej rodziny rzymskiej, poniosła śmierć męczeńską w III wieku. Pochowana w miejscu, gdzie teraz znajduje się jej rzeźba, była tutaj czczona przez co najmniej pięć wieków. W 821 r. jej relikwie zostały przeniesione na Zatybrze, do poświęconej jej bazyliki. Figura św. Cecylii jest kopią słynnej rzeźby Maderny, wykonanej w 1599 r. Krypta była w całości ozdobiona freskami i mozaikami. Na ścianie w pobliżu figury znajduje się stary wizerunek św. Cecylii w postawie orantki, poniżej, w małej niszy, przedstawiony jest Zbawiciel, trzymający w ręku Ewangelię; obok namalowany jest papież męczennik św. Urban. Na ścianie z otworem świetlnym – lucernario, znajdują się postaci trzech męczenników: Policama, Sebastiana i Kwiryna. Są to najstarsze części (z II wieku).
Przechodząc przez okazałe korytarze z licznymi wnękami, w których umieszczano ciała, zw. loculi, dochodzimy do pięciu małych pomieszczeń, prawdziwych grobów rodzinnych, nazywanych Cubicula Sakramentów; są one szczególnie znaczące ze względu na zdobiące je freski. Powstanie fresków datuje się na początki III wieku; symbolicznie przedstawiają sakramenty chrztu i Eucharystii. Jest tam przedstawiony także prorok Jonasz – symbol zmartwychwstania.
Początki katakumb
W pierwszym wieku chrześcijanie Rzymu nie mieli własnych cmentarzy. Jeżeli posiadali grunty, tam grzebali swoich zmarłych, w przeciwnym wypadku korzystali ze wspólnych cmentarzy, używanych także przez pogan. Z tego względu św. Piotr został pochowany w nekropolii („mieście zmarłych”) na wzgórzu watykańskim, dostępnej dla wszystkich; podobnie św. Paweł – został pochowany w nekropolii przy Via Ostiense.
Po promulgowaniu w lutym 313 r. przez cesarzy Konstantyna i Licyniusza edyktu mediolańskiego zakończyły się prześladowania chrześcijan. Mogli oni swobodnie wyznawać wiarę, budować miejsca kultu i kościoły w obrębie miasta i poza jego murami, kupować parcele bez obawy, że zostaną skonfiskowane. Jednak katakumby nadal funkcjonowały jako regularne cmentarze aż do początków V wieku, kiedy to Kościół powrócił do pochówków wyłącznie naziemnych lub w bazylikach poświęconych ważnym męczennikom.
W tym długim okresie (400-ok. 800 r. po Chr.) katakumby były uważane za autentyczne sanktuaria męczenników, i pielgrzymi niezwykle licznie udawali się tam, by je nawiedzić, a jedynym celem było pomodlenie się przy ich grobach. Do tego szczególnie okresu należą pobożne graffitti (krótkie inwokacje modlitewne lub wspomnienia dokonanych obrzędów, wyryte przez pielgrzymów na tynkach krypt) oraz opracowanie niektórych tras (prawdziwe przewodniki po katakumbach).