Cuando los bárbaros (Godos y Longobardos) invadieron Italia y bajaron a Roma, destruyeron sistemáticamente muchos de sus monumentos y saquearon muchos lugares, incluidas las catacumbas. Impotentes frente a tales devastaciones, que se realizaron repetidamente, hacia la mitad del siglo VIII y el comienzo del IX los papas hicieron trasladar las reliquias de los mártires y de los santos a las iglesias de la ciudad, por razones de seguridad.
Una vez realizado el traslado de las reliquias, no se volvieron a visitar las catacumbas y se abandonaron totalmente, excepto las de San Sebastián, San Lorenzo y San Pancracio. Con el tiempo, materiales de desprendimientos y la vegetación obstruyeron y escondieron las entradas de las demás, hasta el punto de que se perdió su rastro. Y durante toda la Edad Media se ignoró dónde se encontraban.
La exploración y el estudio científico de las catacumbas empezaron, siglos más tarde, con Antonio Bosio (1575-1629), llamado el "Colón de la Roma subterránea". Y en el siglo pasado, Juan Bautista de Rossi (1822-1894), considerado el fundador y padre de la Arqueología Cristiana, realizó la exploración sistemática de las catacumbas, especialmente de las de San Calixto.
En el 1930 la Santa Sede, propietaria de las Catacumbas, ha confiado el cuidado de las Catacumbas de San Calixto a la Congregación Salesiana de Don Bosco.