Al lado de la cripta de los papas, está la cripta de Santa Cecilia, la popular patrona de la música. Era de familia romana noble y fue martirizada en el s. III. Fue sepultada donde se encuentra ahora su estatua y venerada allí al menos durante cinco siglos. En el año 821 sus reliquias fueron transpoetadas a la basílica dedicada a ella en el Trastévere.
La estatua es copia de la célebre obra de Maderno, esculpida en 1599.
La cripta estaba toda ella decorada con frescos y mosaicos (comienzos del s. IX). En el muro próximo a la estatua hay una imagen de Santa Cecilia, en actitud orante; más abajo, en un pequeño nicho, se ve la figura del Salvador, que tiene en una mano el Evangelio; junto a él está pintado el papa mártir San Urbano. En una pared del lucernario se ven las figuras de tres mártires: Polícamo, Sebastián y Quirino.