Als die Barbaren (Goten und Langobarden) in Italien einfielen und schließlich nach Rom vordrangen, zerstörten sie systematisch viele Monumente und plünderten zahlreiche bedeutende Kultstätten, darunter auch die Katakomben. Die Päpste, die angesichts dieser Welle der Zerstörung machtlos waren, ließen gegen Ende des 8. und Anfang des 9. Jahrhunderts aus Sicherheitsgründen die Gebeine der Märtyrer und Heiligen in die Kirchen der Stadt überführen.
Nach Beendigung der Überführung der Reliquien wurden die Katakomben von den Gläubigen nicht mehr aufgesucht und endgültig verlassen, mit Ausnahme der Katakomben des heiligen Sebastian, des heiligen Laurentius und des heiligen Pankratius. Im Laufe der Zeit versperrten und verdeckten Erdrutsche und Pflanzenwuchs die Eingänge der anderen Katakomben, so dass sich jede Spur von ihnen verlor. Das ganze Spätmittelalter hindurch war nicht einmal bekannt, wo genau sie sich befanden.
Die Wiederentdeckung und die wissenschaftliche Erforschung der Katakomben begannen einige Jahrhunderte später durch Antonio Bosio (1575-1629), der den Beinamen „Christoph Kolumbus des unterirdischen Roms“ erhielt. Im 19. Jahrhundert kam es dann zur systematischen Erforschung der Katakomben, insbesondere der Calixtus-Katakomben, durch Giovanni Battista de Rossi (1822-1894), der als Begründer und Meister der christlichen Archäologie angesehen wird.
Die Katakombe ist im Eigentum des Vatikans. Die Verwaltung der Katakombe liegt seit 1930 in der Zuständigkeit der Ordensgemeinschaft der Salesianer Don Boscos.