Beim Betreten der Calixtus-Katakomben sind oberirdisch zwei kleine Basiliken mit drei Apsiden, die sogenannten „Tricoren“ zu sehen. In der östlichen Tricora waren wahrscheinlich Papst Zephyrinus und der junge Märtyrer der Eucharistie, Tarcisius, bestattet.
Der unterirdische Friedhof besteht aus verschiedenen Bereichen. Die Krypten der heiligen Lucina sowie die sogenannte Region der Päpste und der heiligen Caecilia bilden den ältesten Teil der Katakombe. Die anderen Regionen sind nach den heiligen Miltiades, dem heiligen Gaius und dem heiligen Eusebius benannt. Außerdem gibt es die Westliche sowie die Liberianische Region mit wichtigen Krypten.